黒島が歴史書に登場するのは、文永8年（1271年）の＜青方文書＞による記述が最初です。14世紀頃には、現在の港がある本村付近に集落が形成されていたと考えられています。

江戸時代前期、黒島は平戸藩の領地でした。当時の黒島は石高（米の収穫量）は少ないものの、農業・漁業に加え、御影石の採石地、軍馬の飼育地として知られていました。

江戸時代後期、幕府のキリシタン禁教政策による弾圧から逃れたキリシタン達が、この島に居住するようになりました。

1865年、長崎浦上のキリシタンが大浦天主堂で信仰を明らかにした「信徒発見」から数ヵ月後、黒島の信徒代表者が大浦天主堂を訪ね、多くの信徒が秘かに居住している事を告白し、初めてのミサが黒島で行われました。

1902年、現在のカトリック黒島天主堂が建てられ、現在も島民の約8割がカトリック信者です。1964年（昭和29年）に佐世保市に編入、現在にいたります。